只要可能，改变水源是金属设备防腐蚀的最简单、最省钱的方法。如有的地方，用井水作水压试验时，发现水中有加荣氏菌，就立即改变水源。可惜这种方法有局限性，因为在大多数地方，对于连续操作所需的大量水源，能改变的可能性很小。所以必须使用其它的控制方法。
另外，许多微生物能释放出大分子的表面活性剂，而这种物质在含有微量水的纯净润滑油系统中，会把润滑油中的水与油乳化成乳液，这种润滑油性质的最终变化会导致轴承轴颈等发生腐蚀。
这种情况在海洋用的柴油机的润滑油系统中特别严重，因这种柴油机相当庞大，而且非常复杂，故不能防止外来物质和水的侵入，这就可能导致微生物对纯净润滑油的作用。此外，在燃料油中除去水分也达到控制微生物腐蚀的作用。
控制细菌通常是设备防腐蚀中最后的选择方法，因为这个方法需进行大量的研究和准备，连续地监测，以及长期使用化学药品。尽管如此，这个方法常常又是实际使用的方法。
使用这个方法的典型例子是许多设备的大型冷却塔系统，以及无法避免又必须使用有污染的混合水源的设备。在这个系统中有代表性的控制有害细菌的方案是：
（1）准确地确定腐蚀问题和进行有关细菌的分析；
（2）通过实验室进行的实验，找出受微生物严重干扰的特殊水流和工艺介质中最适宜的农药；
（3）找出与农药可共存的和有效的分散剂，来帮助分散沉积物，以及防止淤泥的沉淀；
（4）确定清除冷却塔污物的方法；
（5）取得使用这个化学组合药物的正式许可；
（6）安装上使用化学组合药物的辅助系统；
（7）通过现场进行试验，以确定加入化学组合药物的数量和所需的投药时间间隔；
（8）最后连续地监测此系统以确定这种处理的效果。